text

Monday 30 October 2017

Parasit Pada Ikan



REVIEW JUNAL
            Berdasarkan jurnal yang telah dibaca maka didapatkan bahwa parasit jarang berada dalam sistem alam. Pada Studi yang telah dilakukan peneliti sering bergantung pada infeksi mikroparasit yang memperkenalkan penyakit potensial dalam perkiraan perubahan evolusioner sifat inang dan parasit. Menggunakan invasi biologis sebagai alat untuk mempelajari koevolusi host-parasit di alam dapat mengatasi penyakit pada ikan tersebut. Meskipun ada ketertarikan yang besar padaperan parasit dalam invasi biologis, efek paralel karakteristik pendahuluan spesies pada dinamika parasit telah jelas kurang mendapat perhatian. Banyak usaha telah difokuskan pada bagaimana parasit dapat memfasilitasi atau membatasi invasi, dan berdampak positif atau negatif terhadap spesies induk asli dan masyarakat penerima. Konsekuensi potensial dari invasi biologis untuk keragaman dan dinamika parasit asli dan yang diperkenalkan telah dan masih banyak diabaikan, walaupun invasi yang berhasil oleh spesies inang non-asli mungkin memiliki efek kontrasepsi yang besar dan tidak dapat diprediksi pada parasit.
            Tinjauan tersebut melihat kaitan antara invasi biologis dan patogen, dan terutama pada invasi krustasea di ekosistem perairan dan potensi efeknya pada parasit asli dan invasif, dan membahas apa yang seringkali tidak diketahui bahkan dari sistem terdokumentasi dengan baik. Krustasea air adalah host bagi banyak parasit dan seringkali bersifat invasif. Studi yang dipublikasikan pada salah satu jurnal tersebut menunjukkan bahwa invasi krustasea dapat memiliki efek yang sangat kontras terhadap dinamika parasit, bahkan ketika spesies inang dan parasit invasif secara filogenetis dekat dengan rekan asli mereka. Efek tersebut tampaknya bergantung pada banyak faktor seperti kesesuaian host, siklus hidup parasit atau resistensi spesifik host terhadap manipulasi parasit. Selanjutnya, host yang dikenali dapat memiliki efek kontras yang dramatis terhadap tanaman dan transmisi parasit, dua parameter yang harus dinilai sebelum menarik kesimpulan apapun mengenai potensi efek host baru pada parasit dan proses kunci yang mempengaruhi dinamika penyakit.
            Pada jurnal yang didapat menjelaskan bahwa kerentanan relatif spesies inang invasif dan inang pada infeksi jarang dihitung. Namun informasi tersebut sangat penting untuk mengevaluasi kepentingan relatif host alternatif dalam dinamika parasit asli. Misalnya, jika host amphipod asli lebih rentan terhadap infeksi oleh acanthocephalan lokal daripada rarseli G. invasif, maka kerentanan dan manipulasi host mempertahankan spesies inang asli sebagai rute utama untuk dinamika transmisi dan parasit. Namun, jika rarseli invasif G. terbukti lebih rentan daripada host amphipod asli namun parasit tidak ditularkan karena manipulasi penangkal lawan, maka transmisi parasit dan dengan demikian dinamika populasi harus dipengaruhi secara negatif oleh host invasif.

Sumber
 

Thursday 19 October 2017

Peran Bioinformatika pada Budidaya Perikanan



bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.bioinformatics

Salah satu teknologi terbaik yang mampu mengidentifikasi spesies Vibrio adalah dengan mengetahui struktur DNA, yakni dengan teknik sekuens 16S rDNA. Dalam mempelajari bakteri Vibrio penyebab penyakit udang, teknik ini merupakan teknik yang relatif baru yang belakangan sering diterapkan karena bisa dibandingkan dengan basis data di Gen Bank untuk mengetahui kemiripan homologi DNA dengan bakteri yang sejenis. Skrining bakteri menggunakan teknik sekuens 16S rDNA merupakan suatu teknik dalam mengidentifikasi suatu spesies organisme. Teknik ini dilakukan dengan menganalisa struktur atau susunan basa DNA yang terdapat di daerah 16S DNA. Seiring semakin berkembangnya dunia bioteknologi, usaha untuk menentukan jenis spesifik bakteri penyebab penyakit pada udang secara tepat dan efisien sangat diperlukan, guna mempermudah dalam menanggulangi penyebaran penyakit yang disebabkan oleh bakteri patogen pada budidaya tambak udang. Saat ini, banyak ahli taksonomi mikrobiologi menerima bahwa studi molekuler, terutama analisa asam nukleat merupakan metode terbaik dan terpercaya untuk menandakan spesies dan menentukan hubungan antara organisme yang berbeda. Analisis sekuens DNA mewakili referensi terakhir untuk mengenali subtipe dalam satu spesies atau skrining mikroba. Idealnya, perbandingan di antara strain-strain dalam suatu spesies dapat diketahui melalui DNA

Sistem BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) dapat mencari nama spesies, persentase homologi DNA hasil sekuens. Pengajuan (Submit) ke Gen Bank dilakukan guna  mendapatkan nomor akses dan memperoleh kode strain sesuai yang diinginkan oleh peneliti, yang merupakan susunan basa yang dimiliki oleh masingmasing strain

Sumber