bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics)
adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis
informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan
metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan
masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA
dan asam amino serta informasi yang berkaitan
dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi
biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur
untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur
sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.bioinformatics
Salah satu teknologi
terbaik yang mampu mengidentifikasi spesies Vibrio adalah dengan mengetahui
struktur DNA, yakni dengan teknik sekuens 16S rDNA. Dalam mempelajari bakteri
Vibrio penyebab penyakit udang, teknik ini merupakan teknik yang relatif baru yang
belakangan sering diterapkan karena bisa dibandingkan dengan basis data di Gen
Bank untuk mengetahui kemiripan homologi DNA dengan bakteri yang sejenis.
Skrining bakteri menggunakan teknik sekuens 16S rDNA merupakan suatu teknik
dalam mengidentifikasi suatu spesies organisme. Teknik ini dilakukan dengan
menganalisa struktur atau susunan basa DNA yang terdapat di daerah 16S DNA.
Seiring semakin berkembangnya dunia bioteknologi, usaha untuk menentukan jenis
spesifik bakteri penyebab penyakit pada udang secara tepat dan efisien sangat
diperlukan, guna mempermudah dalam menanggulangi penyebaran penyakit yang
disebabkan oleh bakteri patogen pada budidaya tambak udang. Saat ini, banyak
ahli taksonomi mikrobiologi menerima bahwa studi molekuler, terutama analisa asam
nukleat merupakan metode terbaik dan terpercaya untuk menandakan spesies dan
menentukan hubungan antara organisme yang berbeda. Analisis sekuens DNA
mewakili referensi terakhir untuk mengenali subtipe dalam satu spesies atau
skrining mikroba. Idealnya, perbandingan di antara strain-strain dalam suatu
spesies dapat diketahui melalui DNA
Sistem BLAST (Basic
Local Aligment Search Tool) dapat mencari nama spesies, persentase homologi DNA
hasil sekuens. Pengajuan (Submit) ke Gen Bank dilakukan guna mendapatkan nomor akses dan memperoleh kode
strain sesuai yang diinginkan oleh peneliti, yang merupakan susunan basa yang
dimiliki oleh masingmasing strain
Sumber
Perbaiki font, berikan ilustrasi visual agar tampilan lebih menarik
ReplyDelete