text

Kamis, 14 Desember 2017

Review Jurnal SIG (Sistem Informasi Geografis) Dalam Aquaculture

Judul    : Aplication of GPS and GIS in Aquaculture and Fisheries
Penulis : Alum Udensi, Egesi dan Uka
Tahun   : 2016
Jurnal   : International Journal of Agriculture and Earth Science Vol. 2 No.2
           Berdasarkan artikel tersebut Global positioning system (GPS) dan Global Information Systems (GIS) menjadi alat yang banyak digunakan di bidang pertanian. Kegunaannya dalam aspek akuakultur dan perikanan seperti pemetaan tanah dan air, pengelolaan banjir dan polusi, pengelolaan perikanan tangkap darat, pemantauan penyakit, ekologi spesies dan studi konservasi hanya dibatasi oleh kemampuan pengguna. Selain kemudahan penggunaan, dan di seluruh dunia semua operasi cuaca, GPS berutang popularitasnya pada fleksibilitasnya, akurasi tinggi yang dapat diandalkan dengan posisi, waktu dan arahan dapat ditentukan. Makalah ini menyoroti area aplikasi GPS dan aplikasi GPS saat ini untuk perikanan budidaya dan perikanan. GPS dapat diterapkan pada hampir semua aspek akuakultur. Dalam kombinasi dengan GIS, yang merupakan sistem berbasis komputer yang memasukkan, menyimpan, mengambil, menganalisis & menampilkan informasi yang dirujuk secara geografis yang berguna untuk pengambilan keputusan, kegunaannya dalam pemetaan tanah dan air, pengelolaan banjir dan polusi, pengelolaan perikanan tangkap darat, ekologi spesies dan studi konservasi hanya dibatasi oleh kemahiran kemampuan pengguna pengguna.
             Salah satu alasan paling umum untuk kegagalan proyek akuakultur dan untuk dampak lingkungan yang merugikan adalah menemukan perkembangan di tempat-tempat inferior . Penangkapan data survei menggunakan GPS sangat berguna dalam seleksi lokasi akuakultur. Dengan pengembangan sistem informasi geografis (SIG) dan ketersediaan data penginderaan jauh, sekarang dimungkinkan untuk memilih kawasan yang sesuai dengan lingkungan secara cepat dan sistematis (Radiarta et.al 2011). Lereng, karakteristik tanah, vegetasi dan pasokan air tanah akuakultur dapat disematkan secara akurat dan digunakan baik dalam pengambilan keputusan maupun desain pertanian. Pemetaan sungai: keseluruhan jalur sungai, sungai, danau dapat dipetakan dengan informasi yang berguna sebagai kedalaman, arah aliran pada setiap titik, lebar, dll. Spesies kejadian dan peta kelimpahan juga mudah dihasilkan pada badan air tersebut dengan menggunakan GPS. Hal ini membuat studi ekologi menjadi mudah. Aplikasi seperti Navionics berperahu dan memancing telah dikembangkan untuk membantu penangkapan dan perikanan olahraga.
             Menurut saya artikel tersebut memberikan konten yang sangat informatif karena dapat mengetahui aplikasi SIG dan GPS. Perkembangan teknologi sensor, sensor komputer dan posisi sekarang membawa peluang baru untuk pengelolaan pertanian dan akuakultur . Analisis GIS terhadap habitat ikan telah menjadi lebih canggih dengan menggabungkan model numerik atau statistik kelimpahan ikan, pertumbuhan dan ketersediaan mangsa dengan karakteristik fisik habitat dalam kerangka GIS. Peta yang diperbarui menyediakan manajer daerah aliran sungai dengan alat yang mereka butuhkan untuk memantau kualitas air secara efektif. Penangkapan data GPS menghasilkan geo-database dengan kemampuan untuk memberi para pengambil keputusan dan manajer informasi tentang alat untuk menganalisis kriteria keputusan utama yang mendukung pemilihan lokasi yang sesuai untuk berbagai jenis akuakultur: perikanan laut, pesisir dan perikanan darat dan menghilangkan area yang tidak sesuai untuk akuakultur.

Kamis, 07 Desember 2017

NCBI Isolat IHB B 15650 16 S

Berdasarkan sequencing pada NCBI bakteri yang didapatkan yaitu Bacillus siamensis dengan kode genbank KM817243 dan memiliki kemiripan sebesar 98%

GenBank :

Query  15    CTAATGC-TGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACG  73
             ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  35    CTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACG  94

Query  74    GGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCT  133
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  95    GGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCT  154

Query  134   AATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCAC  193
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  155   AATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCAC  214

Query  194   TTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACG  253
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  215   TTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACG  274

Query  254   ATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTC  313
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  275   ATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTC  334

Query  314   CTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCC  373
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  335   CTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCC  394

Query  374   GCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCG  433
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  395   GCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCG  454

Query  434   TTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA  493
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  455   TTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA  514

Query  494   GCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTC  553
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  515   GCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTC  574

Query  554   GCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGA  613
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  575   GCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGA  634

Query  614   AACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCG  673
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  635   AACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCG  694

Query  674   TAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAG  733
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  695   TAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAG  754

Query  734   GAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGAT  793
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  755   GAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGAT  814

Query  794   GAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTC  853
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815   GAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTC  874

Query  854   CGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAG  913
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  875   CGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAG  934

Query  914   CGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCC  973
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  935   CGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCC  994

Query  974   TCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGT  1033
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  995   TCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGT  1054

Query  1034  TGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGA  1093
             ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1055  TGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTT-GGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGA  1113

Query  1094  TCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAAGGTGACTGCCCGGTGACAAACCCGGA  1153
             ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct  1114  TCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAA-GGTGACTGCC-GGTGACAAACC-GGA  1170

Query  1154  GGAAAGGTGGGGGATGACGTCCAAATCATCCTTGCCCCTTATTGACCT  1201
             |||| ||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||| |||||
Sbjct  1171  GGAA-GGTGGGG-ATGACGTC-AAATCATCAT-GCCCCTTAT-GACCT  1213
Genom Bacillus siamensis KCTC 13613T (5BCC 22614T5KACC16244T), dengan nilai hibridisasi DNA-DNA yang dihitung (DDH) sebesar 91,2% dan rata-rata identitas nukleotida (ANI) sebesar 98,9%. Nilai DDH ini jauh di atas 70% ambang batas untuk delineasi spesies, serta ambang ANI 95%. Selain itu, hasilnya analisis morfologi, fisiologis, chemotaxonomic dan filogenetik menunjukkan bahwa Jenis strain kedua taksa ini sangat mirip dengan koherensi fenotip. Sebuah genom inti Analisis sekuensing multi-lokus dilakukan untuk strain dan hasilnya menunjukkan bahwa Kelompok 'Bacillus vanillea' XY18 erat dengan jenis strain Bacillus siamensis. Data fenotipik yang diterbitkan sebelumnya untuk 'B. vanillea dan B. siamensis konsisten dengan strain yang dimiliki ke spesies yang sama.  Mester asam lemak yang sebelumnya diterbitkan Data sedikit bervariasi, namun komponen asam lemak primer adalah sama. Penyimpangan penting lainnya ditemukan ketika membandingkan fenotipik yang telah diterbitkan sebelumnya, sifat fisiologis atau kemotaksonomi dari keduanya taksa adalah: (1) mol% G + C isi DNA, (2) produksi asam dari laktosa, trehalosa dan melibiose, dan (3) suhu dan rentang pertumbuhan NaCl (1).
Bacillus siamensis (si.am.en9sis N.L. masc. Adj. Siamensis berkaitan dengan Siam, nama lama Thailand, dari mana jenis regangan diisolasi). Sel Gram-positif, fakultatif anaerobik dan rodshaped, berukuran 0,3-0,661,5-3,5 mm. Sel terjadi sendiri, berpasangan dan kadang dalam rantai pendek. Mereka motil dengan flagella peritrichous. Endospora Ellipsoidal adalah diproduksi di posisi sentral atau subterminal yang bengkak sporangia Koloni berwarna putih krem, mucoid, tembus, Dibesarkan, memiliki seluruh margin dan berdiameter 3-4 mm Setelah 2 hari inkubasi pada suhu 37oC pada TSA. Dalam medium cair, sebuah film tipis terbentuk di permukaan sementara sisanya sedang berawan. Pertumbuhan anaerobik terjadi. Tumbuh pada agar MacConkey tapi tidak di media garam empedu. Menghasilkan katalase tapi bukan oksidase (2).
Empat kelompok bakteri, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, dan Proteobakteria (Tabel 3, Gambar 2). Lebih dari setengah dari tanah antagonis bakteri (46 isolat, 52,3% dari total) diakomodasi dalam Firmicutes kelompok. Dalam kelompok ini, Bacillus spp. mewakili mayoritas, dengan 42 isolat (91,3%). Analisis filogenetik berdasarkan rRNA 16S Urutan gen menunjukkan bahwa isolat Bacillus yang paling aktif adalah terkait erat dengan spesies Bacillus thuringiensis (12 isolat,28,6%), Bacillus aryabhattai (9 isolat, 21,4%) dan Bacillus siamensis (5 isolat, 11,9%) dengan urutan kemiripan 99.9e100.0%,98.9e100.0%, dan 99.1e100.0%, masing-masing (3).
Di sini, selama pendekatan sistematis untuk memindai spesies Bacillus yang menghasilkan antibiotik baru com-Pound, kami menemukan bahwa Bacillus siamensis KCTC 13613T signifikan menghambat pertumbuhan miselium tanaman-jamur pathogen Rhizoctonia solani dan Botrytis cinerea (data tidak ditunjukkan). Itu Strain KCTC 13613T juga menunjukkan aktivitas antibakteri yang kuat melawan bakteri Gram positif, Micrococcus luteus. B. siamensis adalah spesies halophilic baru yang diisolasi dari jenis produk kepiting asin (poo-khem) dimakan di Thailand (11). Ketegangan KCTC 13613T secara signifikan meningkatkan pertumbuhan bibit Arabi-dopsis thaliana tanpa kontak fisik di I Plate, menunjukkan bahwa volatile bakteri mendorong pertumbuhan tanaman (data tidak ditunjukkan) (4).
    isolat menghasilkan metabolit inhibitor yang disebarkan ke media agar-agar dan dihambat pertumbuhan patogen, menghasilkan formasi zona penghambatan (Gambar 3C, Gambar 3D). Antara isolat endofitik, B. siamensis C53 dan B. subtilis cenB menunjukkan antagonis yang signifikan aktivitas sementara isolat epifit menunjukkan tidak berpengaruh pada patogen yang teruji. Dari 70 terisolasi bakteri tanaman terkait, Bacillus sp., Serratia sp., Pseudomonas sp., Pantoea sp., dan Lysinibacillus sp. Menunjukkan sifat promosi pertumbuhan tanaman yang manjur. Bacillus siamensis C53 dan B. subtilis cenB menunjukkan signifikan aktivitas antagonistik terhadap patogen yang diuji (5).

Daftar Pustaka 

1.    Dunlap, C.A. Phylogenomic analysis shows that ‘Bacillus vanillea’ is a later heterotypic synonym of Bacillus siamensis. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2015; 3507-3510.
2.     Sumpavapol, P., L,Tongyonk, S, Tanasupawat., N, Chokesajjawatee., P, Luxananil3 dan W, Visessanguan. Bacillus siamensis sp. nov., isolated from salted crab (poo-khem) in Thailand. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2010; 2364-2370
3.     Fan,Z., C, Miao., X, Qiao, Y, Zheng , Hu, Chen.,Y, Chen., LI, Xu., L, Zhao dan H, Guan. Diversity, distribution, and antagonistic activities of rhizobacteria of Panax notoginseng. Journal of Ginseng Research. 2015; 97-104
4.    Jeong,H., D, Jeong., S,H Kim, G,C Song., S, Park, C, Ryu, S, Park, dan S, Choia,b. Draft Genome Sequence of the Plant Growth-Promoting Bacterium Bacillus siamensis KCTC 13613T. Journal of Bacteriology. 2012;194(54):  4148-4149
5.      Nongkhlaw, F, M, W dan S. R. Joshi. Epiphytic and endophytic bacteria that promote growth of ethnomedicinal plants in the subtropical forests of Meghalaya, India. Int. J. Trop. Biol. 2014;62(4): 1295-1308.