GenBank :
Query 15
CTAATGC-TGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACG 73
||||| |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 35
CTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACG 94
Query 74
GGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCT 133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 95
GGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCT 154
Query 134
AATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCAC 193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 155
AATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCAC 214
Query 194
TTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACG 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 215
TTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACG 274
Query 254
ATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTC 313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 275
ATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTC 334
Query 314
CTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCC 373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 335
CTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCC 394
Query 374
GCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCG 433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 395
GCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCG 454
Query 434
TTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA 493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 455
TTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA 514
Query 494
GCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTC 553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 515
GCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTC 574
Query 554
GCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGA 613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 575
GCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGA 634
Query 614
AACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCG 673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 635
AACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCG 694
Query 674
TAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAG 733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 695
TAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAG 754
Query 734
GAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGAT 793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 755
GAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGAT 814
Query 794
GAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTC 853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815
GAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTC 874
Query 854
CGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAG 913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 875
CGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAG 934
Query 914
CGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCC 973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 935
CGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCC 994
Query 974
TCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGT 1033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 995
TCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGT 1054
Query 1034
TGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGA 1093
|||||||||||||||||||||||||||
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1055
TGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTT-GGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGA 1113
Query 1094
TCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAAGGTGACTGCCCGGTGACAAACCCGGA 1153
|||||||||||||||||||||||||||||||||
|||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1114
TCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAA-GGTGACTGCC-GGTGACAAACC-GGA 1170
Query 1154
GGAAAGGTGGGGGATGACGTCCAAATCATCCTTGCCCCTTATTGACCT 1201
|||| ||||||| |||||||| |||||||| |
||||||||| |||||
Sbjct 1171
GGAA-GGTGGGG-ATGACGTC-AAATCATCAT-GCCCCTTAT-GACCT 1213
Genom
Bacillus siamensis KCTC 13613T (5BCC 22614T5KACC16244T), dengan nilai
hibridisasi DNA-DNA yang dihitung (DDH) sebesar 91,2% dan rata-rata identitas
nukleotida (ANI) sebesar 98,9%. Nilai DDH ini jauh di atas 70% ambang batas
untuk delineasi spesies, serta ambang ANI 95%. Selain itu, hasilnya analisis
morfologi, fisiologis, chemotaxonomic dan filogenetik menunjukkan bahwa Jenis
strain kedua taksa ini sangat mirip dengan koherensi fenotip. Sebuah genom inti
Analisis sekuensing multi-lokus dilakukan untuk strain dan hasilnya menunjukkan
bahwa Kelompok 'Bacillus vanillea' XY18 erat dengan jenis strain Bacillus
siamensis. Data fenotipik yang diterbitkan sebelumnya untuk 'B. vanillea dan B.
siamensis konsisten dengan strain yang dimiliki ke spesies yang sama. Mester asam lemak yang sebelumnya diterbitkan
Data sedikit bervariasi, namun komponen asam lemak primer adalah sama.
Penyimpangan penting lainnya ditemukan ketika membandingkan fenotipik yang
telah diterbitkan sebelumnya, sifat fisiologis atau kemotaksonomi dari keduanya
taksa adalah: (1) mol% G + C isi DNA, (2) produksi asam dari laktosa, trehalosa
dan melibiose, dan (3) suhu dan rentang pertumbuhan NaCl (1).
Bacillus
siamensis (si.am.en9sis N.L. masc. Adj. Siamensis berkaitan dengan Siam, nama
lama Thailand, dari mana jenis regangan diisolasi). Sel Gram-positif,
fakultatif anaerobik dan rodshaped, berukuran 0,3-0,661,5-3,5 mm. Sel terjadi
sendiri, berpasangan dan kadang dalam rantai pendek. Mereka motil dengan
flagella peritrichous. Endospora Ellipsoidal adalah diproduksi di posisi
sentral atau subterminal yang bengkak sporangia Koloni berwarna putih krem,
mucoid, tembus, Dibesarkan, memiliki seluruh margin dan berdiameter 3-4 mm
Setelah 2 hari inkubasi pada suhu 37oC pada TSA. Dalam medium cair, sebuah film
tipis terbentuk di permukaan sementara sisanya sedang berawan. Pertumbuhan
anaerobik terjadi. Tumbuh pada agar MacConkey tapi tidak di media garam empedu.
Menghasilkan katalase tapi bukan oksidase (2).
Empat
kelompok bakteri, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, dan Proteobakteria
(Tabel 3, Gambar 2). Lebih dari setengah dari tanah antagonis bakteri (46
isolat, 52,3% dari total) diakomodasi dalam Firmicutes kelompok. Dalam kelompok
ini, Bacillus spp. mewakili mayoritas, dengan 42 isolat (91,3%). Analisis
filogenetik berdasarkan rRNA 16S Urutan gen menunjukkan bahwa isolat Bacillus
yang paling aktif adalah terkait erat dengan spesies Bacillus thuringiensis (12
isolat,28,6%), Bacillus aryabhattai (9 isolat, 21,4%) dan Bacillus siamensis (5
isolat, 11,9%) dengan urutan kemiripan 99.9e100.0%,98.9e100.0%, dan
99.1e100.0%, masing-masing (3).
Di
sini, selama pendekatan sistematis untuk memindai spesies Bacillus yang
menghasilkan antibiotik baru com-Pound, kami menemukan bahwa Bacillus siamensis
KCTC 13613T signifikan menghambat pertumbuhan miselium tanaman-jamur pathogen
Rhizoctonia solani dan Botrytis cinerea (data tidak ditunjukkan). Itu Strain
KCTC 13613T juga menunjukkan aktivitas antibakteri yang kuat melawan bakteri
Gram positif, Micrococcus luteus. B. siamensis adalah spesies halophilic baru
yang diisolasi dari jenis produk kepiting asin (poo-khem) dimakan di Thailand
(11). Ketegangan KCTC 13613T secara signifikan meningkatkan pertumbuhan bibit
Arabi-dopsis thaliana tanpa kontak fisik di I Plate, menunjukkan bahwa volatile
bakteri mendorong pertumbuhan tanaman (data tidak ditunjukkan) (4).
isolat
menghasilkan metabolit inhibitor yang disebarkan ke media agar-agar dan
dihambat pertumbuhan patogen, menghasilkan formasi zona penghambatan (Gambar
3C, Gambar 3D). Antara isolat endofitik, B. siamensis C53 dan B. subtilis cenB
menunjukkan antagonis yang signifikan aktivitas sementara isolat epifit
menunjukkan tidak berpengaruh pada patogen yang teruji. Dari 70 terisolasi
bakteri tanaman terkait, Bacillus sp., Serratia sp., Pseudomonas sp., Pantoea
sp., dan Lysinibacillus sp. Menunjukkan sifat promosi pertumbuhan tanaman yang
manjur. Bacillus siamensis C53 dan B. subtilis cenB menunjukkan signifikan
aktivitas antagonistik terhadap patogen yang diuji (5).
Daftar Pustaka
1. Dunlap, C.A.
Phylogenomic analysis shows that ‘Bacillus
vanillea’ is a later heterotypic synonym of Bacillus siamensis.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2015;
3507-3510.
2. Sumpavapol, P.,
L,Tongyonk, S, Tanasupawat., N, Chokesajjawatee., P, Luxananil3 dan W,
Visessanguan. Bacillus siamensis sp. nov., isolated from salted crab (poo-khem)
in Thailand. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2010;
2364-2370
3. Fan,Z., C,
Miao., X, Qiao, Y, Zheng , Hu, Chen.,Y, Chen., LI, Xu., L, Zhao dan H, Guan. Diversity,
distribution, and antagonistic activities of rhizobacteria of Panax
notoginseng. Journal of Ginseng Research. 2015;
97-104
4. Jeong,H., D,
Jeong., S,H Kim, G,C Song., S, Park, C, Ryu, S, Park, dan S, Choia,b. Draft
Genome Sequence of the Plant Growth-Promoting Bacterium Bacillus siamensis KCTC
13613T. Journal of Bacteriology. 2012;194(54): 4148-4149
5. Nongkhlaw, F, M,
W dan S. R. Joshi. Epiphytic and
endophytic bacteria that promote growth of ethnomedicinal plants in the
subtropical forests of Meghalaya, India. Int. J. Trop. Biol. 2014;62(4): 1295-1308.
No comments:
Post a Comment